Os Protocolos Clínicos e Diretrizes de Tratamento - PCDT têm o objetivo de estabelecer claramente os critérios de diagnóstico de cada doença, o algoritmo de tratamento com as respectivas doses adequadas e os mecanismos para o monitoramento clínico em relação à efetividade do tratamento e a supervisão de possíveis efeitos adversos. Observando ética e tecnicamente a prescrição médica, os PCDT também objetivam criar mecanismos para a garantia da prescrição segura e eficaz. Portanto, no âmbito do Componente Especializado da Assistência Farmacêutica, os medicamentos devem ser dispensados aos pacientes que se enquadrarem nos critérios estabelecidos no respectivo Protocolo Clínico e Diretrizes Terapêuticas.

O Departamento de Doenças de Condições Crônicas e Infecções Sexualmente Transmissíveis disponibiliza para os profissionais de saúde os seguintes PCDT sobre o HIV:

Adultos

HIV crianças e adolescentes 

Profilaxia Pós-Exposição ao HIV - PEP

Profilaxia Pré-Exposição ao HIV - PrEP

Hepatites Virais

Infecções Sexualmente Transmissíveis

HTLV

Prevenção da Transmissão Vertical de HIV, Sífilis e Hepatites Virais

Tratamento de HIV/Aids - Outras recomendações