Entre as principais ações do Departamento de DST, Aids e Hepatites Virais para a melhoria da qualidade do atendimento de pessoas acometidas pelo HIV e alguma DST destaca-se a implementação de uma política de assistência que garanta o acesso da população à rede básica de saúde que disponha de profissional capacitado, e a centros de referência para  HIV e DST, quando em situações de maior complexidade diagnóstica.

O acesso dos pacientes a exames laboratoriais para o diagnóstico do HIV e das DST, como é o caso da sífilis, hepatite, infecção por clamídia e aids, também faz parte dessa política. Fazem parte também o monitoramento e a garantia da avaliação da qualidade do diagnóstico laboratorial, identificação de problemas e padronização de metodologias usadas na Rede Nacional de Laboratórios.

Outro ponto importante é a implantação de uma rede de vigilância epidemiológica para o monitoramento da resistência pela Neisseria gonorrhoeae (Renagono), bactéria causadora da gonorreia.

Finalmente, a capacitação de profissionais de saúde por meio de treinamento especializado (Telelab) para o diagnóstico laboratorial do HIV e das DST e a consequente melhora da qualidade do atendimento aos pacientes é mais um objetivo deste Departamento.