O departamento iniciou, em 2009, um processo de avaliação e readequação de fluxos e prioridades considerando os resultados para a sociedade. Após um período de planejamento com todos os funcionários, a nova estrutura, baseada em grandes eixos e processos matriciais, pode ser resumida considerando o seguinte modelo organizacional:

Comissões
Comissão Nacional de DST, Aids e Hepatites Virais (CNAIDS)
Comissão de Articulação com os Movimentos Sociais (CAMS)

Comitês Assessores
Comitê Técnico Assessor de Assistência
Comitê Técnico Assessor de Controle das DST
Comitê Técnico Assessor de Ensino a Distância
Comitê Técnico Assessor de Epidemiologia
Comitê Técnico Assessor de Gestão (COGE)
Comitê Técnico Assessor de Laboratório
Comitê Técnico Assessor de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico
Comitê Técnico Assessor de Prevenção
Comitê Técnico Assessor de Vacinas
Comitê Técnico Assessor para o Controle das Hepatites Virais
Comitê Técnico Assessor para Terapia Antirretroviral
Comitê Técnico de Preservativos Masculinos

Veja também
Ofício circular 8/2011 - Define a nova estrutura do Departamento

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