O HIV age no interior das principais células do sistema imunológico, os linfócitos. Ao entrar nessa célula, o HIV  se integra ao seu código genético.

Entre os linfócitos, o tipo mais atingido pelo vírus é o chamado linfócito TCD4, usado pelo HIV para gerar cópias de si mesmo.

Infectadas pelo vírus, essas células começam a funcionar com menos eficiência até serem destruídas. Dessa forma, com o passar do tempo, a habilidade do organismo para combater doenças comuns diminui, permitindo, então, o aparecimento de doenças oportunistas.

A Síndrome da Imunodeficiência Adquirida - Aids - ocorre como uma conseqüência da ação do vírus HIV no organismo.

O período médio de incubação é estimado em 3 a 6 semanas. Compreende-se por período de incubação o intervalo de tempo entre a exposição ao vírus até o surgimento de alguns sintomas, como febre e mal-estar (fase inicial). A produção de anticorpos inicia-se de 8 a 12 semanas após a infecção.

Denomina-se fase assintomática o estágio em que a pessoa infectada não apresenta qualquer sintoma.  Esse período de latência do vírus é marcado pela forte interação entre o sistema imune e as constantes e rápidas mutações do vírus. Durante essa fase, os vírus amadurecem e morrem de forma equilibrada .

A fase final corresponde à redução crítica de células T, tipo CD4, que chegam abaixo de 200 unidades por mm³ de sangue. Adultos saudáveis possuem de 800 a 1200 unidades. Nessa fase, surgem os sintomas típicos da aids, tais como: diarréia persistente, dores de cabeça, contrações abdominais, febre, falta de coordenação, náuseas, vômitos, fadiga extrema, perda de peso, câncer.