Às Secretarias Estaduais de Saúde compete:

• providenciar, em conjunto com os municípios, a elaboração da Proposta Estadual de Casas de Apoio com documento identificando o total de acomodações a serem disponibilizadas ao SUS, conforme formulário específico encontrado no endereço eletrônico www.aids.gov.br/casasdeapoio, providenciando a sua pactuação na Comissão Intergestores Bipartite e encaminhando-o ao Programa Nacional de DST/Aids/SVS;
• pleitear os recursos correspondentes às Casas de Apoio localizadas nos municípios não qualificados ao incentivo, ou naqueles municípios qualificados, mas que, no momento da elaboração da proposta, não manifestarem interesse no pleito;
• estabelecer instrumentos e mecanismos de repasse dos recursos financeiros e de acompanhamento para as Casas de Apoio, incluindo o estabelecimento de referência e contra-referência com a rede SUS, identificadas na Proposta Estadual e sob a sua responsabilidade gestora; e
• propor normas e instruções complementares, sempre que se fizer necessário.