O Programa Nacional de DST e Aids tem buscado fortalecer a cooperação técnica e financeira com Estados, Distrito Federal, municípios, outros órgãos governamentais, organismos internacionais e com organizações da sociedade civil. As principais formas de cooperação financeira/técnica se dão por meio de projetos, pela política de incentivo e pela execução direta (aquisição e distribuição de medicamentos, insumos de prevenção e assistência).