O Plano Nacional de Monitoramento e Avaliação (PNA) é o documento referencial que explicita as diretrizes técnico-científicas e operacionais da política de M&A do PN-DST/AIDS. O foco desse plano é o uso do M&A para a melhoria do programa, embora aborde também a prestação de contas à sociedade e a outros parceiros. O PNA combina um componente estruturante de monitoramento, com a necessidade de estudos avaliativos especiais que considerem intervenções estratégicas e a diversidade nacional.