O diagnóstico laboratorial da sífilis é baseado em exames de microscopia e exames sorológicos.

Microscopia: A identificação do agente causador, o Treponema pallidum, pode ser realizada com uma coleta adequada de material nas lesões recentes (fases primária e secundária) pela técnica de microscopia em campo escuro ou pela Imunofluorescência direta , podendo observar-se as bactérias vivas e móveis.

Sorologias:

• Sorologia não treponêmica: VDRL e RPR.
• Sorologia treponêmica: FTA-abs, MHA-Tp ou TPHA, ELISA.

Na sífilis congênita, além dos exames acima, devem ser solicitados também o hemograma completo, raio X de ossos longos e exame do líquido céfalo-raquidiano ou líquor (LCR) para análise da celularidade, proteínas e a realização do VDRL. O VDRL do recém-nascido enquadrado na definição de caso deve ser realizado com sangue colhido de veia periférica, e não de cordão umbilical. Os exames treponêmicos podem ser reagentes até o 18º mês de vida, em razão da transferência passivade anticorpos maternos, e raramente são utilizados para a definição diagnósticas em crianças até essa idade.

Na sífilis congênita o comprometimento de vários órgãos e sistemas propõe que seja realizado o diagnóstico diferencial com exame de sangue para detectar a presença de organismos patogênicos e outras infecções congênitas, tais como rubéola, toxoplasmose, citomegalovirose, infecção generalizada pelo vírus do herpes simples e malária. Lesões mais tardias poderão ser confundidas também com sarampo, catapora, escarlatina, entre outras.

As sorologias devem ser solicitadas as treponêmicas e as não treponêmicas.