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O objetivo desta Unidade é apoiar as políticas de saúde, definidas pelo Programa Nacional de DST e Aids, colaborando com os níveis Estaduais e Municipais e orientando-os. Neste contexto, esta Unidade apóia as seguintes ações:

O diagnóstico laboratorial da infecção pelo HIV, realizado através dos testes de triagem (ELISA) e confirmatório (IFI e Western Blot), é ofertado gratuitamente em toda a rede do Sistema Único de Saúde (SUS). Em grande parte dos Estados, a coleta é feita de forma descentralizada, nos serviços de saúde das cidades, mas os testes ainda são realizados nos Laboratórios Centrais (LACEN), situados nas capitais.
Considerando que o diagnóstico precoce da infecção pelo HIV, além de permitir melhor eficácia do tratamento para os indivíduos infectados, permite a adoção de medidas de prevenção para a interrupção da cadeia de transmissão do vírus e que a estimativa é de que metade do segmento da população brasileira infectada desconhece sua condição sorológica para o HIV, o Programa Nacional de DST/Aids implementou mediadas para qualificação dos Estados, Distrito Federal e Municípios para o recebimento de recursos por meio do Fundo de Ações Estratégicas e Compensação - FAEC quando da realização dos procedimentos necessários para o diagnóstico da infecção pelo HIV. A Unidade de Laboratório também implantou, na Rede, um Controle de Qualidade Externa para HIV na Rede laboratorial. No Brasil, os testes rápidos são utilizados em 579 maternidades do Sistema Único de Saúde (SUS), para gestantes que não foram testadas durante o pré-natal.

A partir de 1997, o Programa Nacional de DST e Aids iniciou a implantação da Rede Nacional de Laboratórios para contagem de linfócitos T (CD4+/CD8+) e carga viral do HIV. Os principais objetivos da Rede são: monitorar a evolução clínica de indivíduos infectados pelo vírus, guiar o início do tratamento com medicamentos anti-retrovirais em novos pacientes e adotar terapias preventivas das infecções oportunistas.  Hoje, esta rede é composta por 82 laboratórios de CD4+/CD8+ e 71 de carga viral, estrategicamente localizados e presentes em todas as unidades da federação.

Em 2001, com o objetivo de descentralizar a aquisição e a distribuição de insumos para as Secretarias Estaduais de Saúde, o Ministério da Saúde estabeleceu metas de realização desses testes e fixou recursos para o pagamento dos procedimentos realizados em todos os laboratórios da Rede. Dois anos depois, foi constatado que alguns Estados e Municípios tinham dificuldades em adquirir os testes e o processo de aquisição foi novamente centralizado. De maio de 2004 até junho de 2005, foram enviados à rede de serviços 671.740 testes de CD4+/CD8+ e 625.242 testes de carga viral do HIV, quantitativo suficiente para atender parâmetros normativos de 03 testes por paciente/ano. A Unidade de Laboratório também implantou na Rede um Controle de Qualidade Externa de Carga Viral e CD4+/CD8+ para monitorar a qualidade dos exames nos laboratórios e um Sistema de Informação de Controle de Exames Laboratoriais - SISCEL.

Dada a necessidade de se detectar a ocorrência de resistência genotípica (mutações do HIV), em pacientes em terapia ARV, e de se orientar a seleção de terapia de resgate, o Programa implantou uma rede de laboratórios (Rede Nacional de Genotipagem - RENAGENO) para executar o exame de genotipagem. A RENAGENO tem como objetivo estimar a prevalência de mutações e sua associação ao estagiamento (essa palavra não está dicionarizada, talvez encontrar um sinônimo substituto) clínico, à exposição prévia aos ARV, aos esquemas terapêuticos em uso no momento da coleta, nas diferentes áreas geográficas e sub-tipos circulantes.
A RENAGENO foi estabelecida como política nacional em 1999 e, no segundo semestre de 2001, iniciou seu funcionamento operacional. Atualmente, a Rede é composta por 18 laboratórios executores. Além dos laboratórios, 120 (esse número contradiz a mesma informação em outro texto que cita o número de 180 médicos - verificar) Médicos de Referência em Genotipogem (MRG) integram a Rede, responsáveis pela orientação ao corpo médico dos serviços na indicação, utilização e interpretação de testes de genotipagem para seleção de esquema anti-retroviral de resgate terapêutico.

A Unidade de Laboratório também implantou na Rede um Controle de Qualidade Externa de Genotipagem e um Sistema de Informação de Controle de Exames Laboratoriais - SISGENO. Também realizou um projeto de caracterização e isolamento -  Datawarehouse - e Bioinformática.

Treinamento a Distância para Profissionais de Laboratório - TELELAB, Sífilis e RENAGENO.

Projetos de laboratório, de implementação e implantação.