Formular e implementar uma política nacional de monitoramento e avaliação (M&A) para o Programa Nacional de DST e Aids (PN-DST/AIDS) são dois dos grandes objetivos que estruturam o Projeto Aids III e demonstram o esforço contínuo de grupos e profissionais empenhados na institucionalização do M&A no Programa Brasileiro.
No segundo semestre de 2002, o PN-DST/AIDS revitalizou a discussão sobre avaliação, refletindo sobre o papel estratégico da Assessoria de Monitoramento e Avaliação e sua localização no Programa, constituindo-se, assim, um grupo matricial responsável pela sistematização da experiência acumulada durante os anos.
Dessa forma, no início de 2003, foi recriada a Área de Avaliação, localizada hierarquicamente dentro da Assessoria de Planejamento e Avaliação e, no final de 2004, foi criada a Assessoria de Monitoramento e Avaliação.