Responsável pela definição das diretrizes técnicas para tratamento das DST, HIV e suas complicações. Ainda, é responsável pela elaboração da estimativa de necessidade e custos de medicamentos para o tratamento das DST/HIV; coordenação da logística de aquisição e distribuição de medicamentos e preservativos; apoio ao desenvolvimento do Sistema de Controle Logístico de Medicamentos - SICLOM; elaboração e implementação de estratégias para promoção da adesão dos pacientes à terapia anti-retroviral; apoio aos laboratórios oficiais para produção nacional de medicamentos anti-retrovirais; implantação e monitoramento das ações voltadas à eliminação da sífilis congênita; promoção da capacitação de profissionais no manejo clínico dos pacientes portadores do HIV/aids; implantação e gerenciamento da rede de serviços alternativos assitenciais (SAE, HD, ADT); coordenação da política nacional para manejo das DST com vistas na prevenção de suas complicações e a transmissão da infecção pelo HIV; credenciamento de Centros de Referência Nacional para DST e Aids; coordenação das iniciativas de integração executiva das atividades de assistência e controle das DST/aids com o Programa de Agentes Comunitários de Saúde e Programa de Saúde da Família, e com as áreas técnicas de Saúde da Mulher, da Criança e do Adolescente; coordenação da implementação e implantação de serviços para assistência à mulher portadora de DST e com HIV/aids; estabelecimento das diretrizes técnicas para a assistência em DST/aids para populações confinadas, usuários de drogas e pacientes com co-infecção HIV/tuberculose; desenvolvimento e disseminação das recomendações e práticas de assistência às gestantes portadoras do HIV/aids, visando a redução da transmissão vertical do HIV e definição das diretrizes gerais e das estratégias para a área específica de laboratório; coordenação dos procedimentos para aquisição de insumos e equipamentos, bem como sua distribuição entre os laboratórios estaduais e municipais; definição das normas de procedimentos para exames laboratoriais no processo de assistência às DST e aids; e coordenação, com o apoio de cooperação técnica internacional, do processo de avaliação da qualidade dos procedimentos laboratoriais.