A área de cooperação internacional articula as ações de cooperação desenvolvidas pelas distintas assessorias e unidades da Coordenação. Entre suas atribuições estão: a negociação de projetos e atividades de cooperação internacional e sua formalização junto às instâncias pertinentes; as providências técnico-administrativas para viabilização das ações; a articulação com organismos internacionais e governos estrangeiros no sentido de viabilizar ações de cooperação técnica, científica, tecnológica e financeira. Cabe, ainda, à área de cooperação traçar as diretrizes políticas e a estratégia de atuação do Programa Nacional de DST e Aids relacionadas aos demais países, bem como responder às demandas, relativas à política internacional em nível macro, advindas das instâncias competentes do Governo Federal.