A Unidade de Informação e Vigilância do Programa Nacional de DST e Aids está dividida em duas áreas distintas mas diretamente relacionadas, a Área de Vigilância Epidemiológica e a Área de Informação e Análise Epidemiológica.
A Área de Informação e Análise tem por objetivo sistematizar as informações de interesse epidemiológico de DST e aids. Produz e divulga informações relevantes para o controle da epidemia, como o Boletim Epidemiológico, e disponibiliza os bancos de dados dos vários sistemas de informação sob responsabilidade do Programa Nacional (SINAN, SISCEL e SICLOM) e outros de interesse (SIM e SIH) para tabulações e análises específicas. É também responsável por gerenciar a página do Programa Nacional na internet, divulgando informações atualizadas a respeito da epidemia de HIV/aids e outras DST a diversos públicos, como profissionais e gestores de saúde, representantes da sociedade civil e estudantes de saúde.
A Área de Vigilância Epidemiológica é responsável pela normalização e coordenação das atividades de vigilância epidemiológica e dos eventos clínicos e reações adversas à terapia anti-retrovirais, assim como do monitoramento da sobrevida de pessoas vivendo com HIV/aids e dos fatores relacionados ao óbito por aids. Divulga informações geradas por bases de dados sobre aids e doenças sexualmente transmissíveis, bem como pelas linhas de pesquisa epidemiológica e participação nos estudos de incidência, prevalência e tendências da aids, sífilis congênita e sífilis em gestantes. Assessora e dá suporte técnico às Secretarias Estaduais e Municipais de Saúde no processo da vigilância epidemiológica, no que diz respeito aos critérios de definição, notificação e investigação dos casos de aids, sífilis congênita e no acompanhamento de gestantes.