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A Unidade de Pesquisa e Desenvolvimento Tecnológico - UPT - tem por missão fortalecer a competência nacional em áreas diversas do conhecimento em HIV/aids e outras DST. Esse fortalecimento implica a redução da dependência na pesquisa e desenvolvimento de insumos estratégicos para o enfrentamento da epidemia, como fármacos e medicamentos, vacinas, microbicidas, kits para diagnóstico e monitoramento, e preservativos. Contribui, assim, para uma maior eficácia das ações de controle da epidemia em caráter nacional, regional e local.

Nesta perspectiva, a produção científica e tecnológica nesse campo deixa de ser vista como um bem inacessível, restrito ao espaço acadêmico das universidades e institutos de pesquisa. Busca-se a imediata incorporação social dos seus resultados e evita-se que esses se limitem a relatórios de pesquisa, teses e publicações. A transferência de tecnologia e o estabelecimento do necessário fluxo entre pesquisa, desenvolvimento tecnológico, produção e incorporação ao SUS também é estimulado.

Para esta estratégia, são condições indispensáveis as diversas parcerias com a comunidade científica e tecnológica nacional e internacional, com as organizações da sociedade civil e com os organismos internacionais no campo do HIV/aids e da saúde em geral.

Pesquisa: Estímulo à inovação e geração do conhecimento:
A partir de 2004, o Programa Nacional de DST e Aids implementa novas estratégias de incentivo à inovação e geração do conhecimento em HIV/aids e outras DST no Brasil, lançando Chamadas de Pesquisa para concorrência pública em várias áreas do conhecimento. Essas chamadas são abertas a instituições de ensino e pesquisa, Organizações da Sociedade Civil e a serviços de saúde.

Sistema de Informação Científica e Tecnológica
Informações sobre projetos de pesquisa e desenvolvimento tecnológico apoiados pelo Programa Nacional de DST e Aids estão disponíveis na página do Programa na Internet.

Capacitação científica e tecnológica
- Capacitação em Epidemiologia e Estatística visando a estudos de incidência nos potenciais sítios de vacinas;
- Treinamentos em Bioinformática e em gerenciamento de banco de dados;
- Treinamentos em Boas Práticas de Pesquisa Clínica (GCP) e Boas Práticas de Pesquisa Laboratorial (BPL);
- Treinamentos em metodologias de laboratório (detuned, criopreservação celular e organização de sorotecas para avaliação de incidência por metodologia laboratorial);
- Visitas e estágios de pesquisadores brasileiros a laboratórios de excelência no Exterior, visando a  incrementar a cooperação científica entre as instituições e a transferência de tecnologia.

Desenvolvimento tecnológico de insumos estratégicos
As ações de pesquisa e desenvolvimento de insumos estratégicos abrangem, além do apoio a projetos de pesquisa, as seguintes atividades:

1. Vacinas e Microbicidas
- Apoio a projetos inovadores em vacinas preventivas e terapêuticas e a microbicidas;
- Apoio a pesquisadores brasileiros que integram projetos multicêntricos internacionais, para desenvolvimento de vacinas e de microbicidas;
- Apoio a potenciais sítios de pesquisa de vacinas, fase II B ou III, acompanhados por Comitês de Pesquisa locais que contam com a participação de Universidades, Institutos de Pesquisa, Coordenações Estaduais e Municipais de DST/Aids e Organizações da Sociedade Civil.

2. Fármacos, Medicamentos, Kits para Diagnóstico e Monitoramento e Preservativos
- Ações visando ao fortalecimento da capacidade nacional na área farmacêutica;
- Projetos de desenvolvimento tecnológico para aperfeiçoamento da qualidade do látex natural e desenvolvimento de equipamentos para extração e processamento dessa matéria prima;
- Pesquisa e desenvolvimento de novos materiais, de associações com gel lubrificante e de associações do gel lubrificante com microbicidas;
- Estudos em apoio aos procedimentos de acreditação e controle de qualidade.