A bacterioscopia da secreção uretral e coloração por Gram não tem boa sensibilidade, mas pode afastar a hipótese de clamídia quando da ausência de diplococos em secreção uretral. A contagem de PMN auxilia no diagnóstico. O diagnóstico definitivo da C. Trachomatis é feito por cultura celular, por imunofluorescência direta, Elisa ou PCR (Polimerase Chain Reaction).
