A área de prevenção tem como objetivo: (i) formular políticas públicas no campo da saúde para reduzir a incidência do HIV/Aids e outras DST e a vulnerabilidade da população brasileira a esses agravos; (ii) promover a qualidade de vida das pessoas vivendo com HIV/Aids; (iii) reduzir o estigma e os demais impactos sociais negativos do HIV/Aids e outras DST, por meio de ações pautadas pela ética, pelo respeito à diversidade sexual, racial, étnica, social, econômica e cultural e pelo compromisso com a promoção e atenção à saúde, em consonância com os princípios e diretrizes do SUS, contribuindo para a resposta global à epidemia.

Entre os principais conceitos aplicados no campo da prevenção, destacam-se: risco e vulnerabilidade, promoção à saúde e equidade, participação e controle social, gestão descentralizada das ações de prevenção, integralidade e intersetorialidade.