O diagnpóstico das lesões vegetantes é clínico. A biópsia de lesão ou de área suspeita pode ser realizado para auxiliar decisões mais difíceis. O diagnóstico definitivo da infecção pelo HPV é feito pela identificação da presença do DNA viral por meio de testes de hibridização molecular (hibridização in situ, PCR, Captura Híbrida). As lesões cervicais, subclínicas, são geralmente detectadas pela citologia oncótica, devendo ser avaliadas pela colposcopia e biópsias dirigidas.