Formular e implementar uma política nacional de monitoramento e avaliação (M&A) para o Programa Nacional de DST e Aids (PN-DST/AIDS) vêm ao encontro dos grandes objetivos que estruturam o Projeto Aids III e do esforço contínuo de grupos e profissionais empenhados na institucionalização do M&A no programa brasileiro.
No segundo semestre de 2002, o PN-DST/AIDS revitalizou a discussão da avaliação e sua localização no programa, tendo sido constituído um grupo matricial responsável pela sistematização da experiência acumulada.
No início de 2003, foi recriada a Área de Avaliação, localizada hierarquicamente dentro da Assessoria de Planejamento e Avaliação e, no final de 2004, foi criada a Assessoria de Monitoramento e Avaliação.