Os instrumentos de notificação e investigação são formulários, existentes no serviço de saúde, específicos para cada tipo de doença, que facilitam a coleta e consolidação dos dados. Devem ser preenchidos cuidadosamente, registrando-se todas as informações indicadas, para permitir a análise e comparação de dados. A notificação é obrigatória para aids, gestante HIV positivo, sífilis em gestante e sífilis congênita (dentre outros agravos/doenças) de acordo com a (Lei 6259 de 30/10/1975 e Portaria nº 05 de 21/02/2006 e publicada no D.O.U. de 22/02/2006, Seção 1 página 34).